A direção e a administração da ISCMC serão exercidas pela Assembleia Geral, pelo Conselho de Administração, pelo Conselho Fiscal, além dos Comitês, Compliance e Assessoria Jurídica.

O cargo de provedor é o responsável legal pela Irmandade. A pessoa escolhida é uma figura conhecida no meio em que atua, com credibilidade e conduta ilibada, oferecendo segurança às empresas e pessoas que desejam contribuir para a construção de uma instituição sólida.

O Conselho de Administração (CAD) da ISCMC é composto por membros voluntários, eleitos pelos Irmãos e que acompanham de forma sistemática os projetos desenvolvidos pela Irmandade.

Com a presença do CAD, ocorre processo democrático nas decisões, sempre definidas por meio de votação. Além disso, o CAD ainda garante idoneidade a todo processo de gestão, que, diferente de outros modelos de gestão, é totalmente descentralizado.

Compõem atualmente o CAD membros nas funções de presidente, cargo exercido pelo Provedor, Vice-Presidente, cargo exercido por um irmão leigo, representante da sociedade; secretário e tesoureiro, cargo escolhido por meio de eleição; além dos membros titulares e seus respectivos suplentes eleitos em assembleia.

Além do CAD, outro grupo formado por irmãos é o Conselho Fiscal, cuja função primordial é acompanhar as contas e o status financeiro da Irmandade. Tem função primordialmente fiscalizadora, que garante transparência e responsabilidade no uso dos recursos financeiros da entidade.

A Diretoria Executiva Geral é o órgão de administração e gestão da ISCMC, cabendo-lhe cumprir e fazer cumprir o Estatuto, as Políticas, as Instruções de Trabalho e os demais atos estipulados pelos órgãos competentes da sua administração. Tal Diretoria mantém permanente compromisso com a Gestão e os demais órgãos de governança mediante o estabelecimento, implementação e manutenção de um Sistema de Gestão da Qualidade, onde os recursos necessários são previstos e providos para atender os objetivos planejados.